L'higiene a bord està regulada per MLC 2006 (condicions de vida higièniques) i reforçada per guies OMS i el Codi ISM. Els pilars són: higiene personal (rentat de mans), seguretat alimentària (evitar contaminació creuada i mantenir cadena de fred), control d'aigua potable (cloració i anàlisis), gestió correcta de residus (MARPOL), ventilació i manteniment HVAC, neteja d'allotjaments i control de plagues. L'educació sanitària continuada de la tripulació és clau per prevenir brots i incidències.